คณะรัฐมนตรีได้มีมติ เมื่อวันที่ 11 ตุลาคม 2559 ให้ความเห็นชอบการกำหนดแนวทางการจัดทำงบประมาณและปฏิทินงบประมาณรายจ่ายประจำปีงบประมาณ พ.ศ. 2561 ที่ได้ให้ความสำคัญกับการจัดทำงบประมาณในลักษณะบูรณาการเชิงยุทธศาสตร์ โดยกำหนดให้มีแผนงานบูรณาการเรื่องสำคัญที่สอดคล้องกับร่างกรอบยุทธศาสตร์ชาติระยะ 20 ปี แผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 12 นโยบายความมั่นคงแห่งชาติ และนโยบายสำคัญของรัฐบาล เพื่อใช้แผนงานบูรณาการเป็นกลไกขับเคลื่อนการดำเนินงานของหน่วยงานต่าง ๆ ให้บรรลุผลสำเร็จตามเป้าหมายเชิงยุทธศาสตร์ที่ได้กำหนดไว้ โดยมีวัตถุประสงค์ของแผนงานบูรณาการเป็นกรอบในการดำเนินงาน มีจุดมุ่งหมายให้แผนงานบูรณาการทำหน้าที่เชื่อมโยงภารกิจและการดำเนินงานของหน่วยงานที่มีเป้าหมาย วัตถุประสงค์และตัวชี้วัดร่วมกัน โดยให้หน่วยงานประชุมร่วมกันเพื่อกำหนดเป้าหมาย แนวทางการดำเนินงาน ตัวชี้วัดความสำเร็จ และจัดทำแผนแม่บทระยะปานกลางและระยะยาวที่สอดคล้องกับแผนแม่บทของกระทรวง/หน่วยงาน ตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 4 ตุลาคม 2559 เรื่อง แผนงานในภารกิจหลักของหน่วยงานระยะ 20 ปี (พ.ศ.2560-2579)
ปัจจุบันมหาวิทยาลัยแม่โจ้ มีสถานะเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัย แม่โจ้ พ.ศ.2560 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 134 ตอนที่ 39 ก ลงวันที่ 5 เมษายน 2560 ซึ่งการได้รับงบประมาณสนับสนุนมีแนวโน้มว่าจะลดน้อยลง ประกอบกับเงินรายได้จากค่าธรรมเนียมการศึกษามีแนวโน้มลดลงเช่นกัน เนื่องจากมีจำนวนนักศึกษาน้อยลง หลักสูตรที่เปิดสอนลดลง โครงสร้างประชากรในวัยเรียนเริ่มลดลง ดังนั้น มหาวิทยาลัยจึงต้องมีการปรับตัวกับความเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้น เพื่อให้มหาวิทยาลัยสามารถของบประมาณสนับสนุนเพิ่มมากขึ้น ด้วยการใช้ความเชี่ยวชาญของมหาวิทยาลัยที่มีชื่อเสียงและความเก่งของอาจารย์ เพื่อขอรับการสนับสนุนเงินงบประมาณในรูปแบบโครงการบูรณาการเชิงยุทธศาสตร์ ซึ่งมหาวิทาลัยสามารถนำงบประมาณที่ได้นำมาบูรณาการกับการเรียนการสอน การวิจัย การบริการวิชาการ และทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรมที่เน้นทางด้านเกษตรเป็นรากฐาน ตั้งแต่ในปีงบประมาณ 2560 มหาวิทยาลัยได้รับงบประมาณสนับสนุนการดำเนินโครงการบูรณาการ และในปีงบประมาณ 2561 มหาวิทยาลัยได้รับงบประมาณสนับสนุน แผนงบบูรณาการเชิงยุทธศาสตร์ จำนวน 371,053,800 บาท ในหมวดเงินอุดหนุน ตามประเภทงบประมาณรายจ่าย จำนวน 42 โครงการ
ดังนั้น เพื่อให้การจัดสรรทรัพยากรที่มีประสิทธิภาพและส่งเสริมให้กระทรวงและหน่วยงานทำงานร่วมกันในลักษณะประสานเชื่อมโยงแบบเครือข่ายที่นำไปสู่การบรรลุจุดมุ่งหมายและตัวชี้วัดร่วมกันโดยมีรูปแบบการบริหารจัดการแบบองค์รวม โดยคำนึงถึงหลักประหยัด มีความคุ้มค่า มุ่งให้เกิดผลสัมฤทธิ์ในการใช้จ่ายงบประมาณและเกิดประโยชน์สูงสุดต่อประชาชนและประเทศชาติ โดยที่หลักการการเบิกจ่ายงบประมาณกำหนดไว้ “ทำอย่างไรให้การใช้จ่ายและเบิกจ่ายงบประมาณบรรลุผลตามวงเงินและวัตถุประสงค์ที่ได้รับอนุมัติ โดยปฏิบัติตามขั้นตอนของกฏฎหมาย ระเบียบ ข้อบังคับ และมติคณะรัฐมนตรีที่เกี่ยวข้องอย่างถูกต้องครบถ้วนและใช้งบประมาณที่มีอยู่อย่างจำกัดให้คุ้มค่าที่สุด” มหาวิทยาลัย แม่โจ้ได้รับงบประมาณในความหมายของการใช้งบประมาณให้คุ้มค่าที่สุด ปัจจุบันเปรียบเสมือนกับการบริหารจัดการโครงการที่มุ่งผลสัมฤทธิ์ (Managing for Results) โดยมีการบริหารจัดการโครงการให้บรรลุตามกรอบระยะเวลาที่กำหนดไว้ และสามารถขอรับเงินสนับสนุนงบบูรณาการได้อย่างต่อเนื่องทุกปี เพื่อจะนำงบประมาณดังกล่าวมาพัฒนามหาวิทยาลัย
ด้วยเหตุนี้ มหาวิทยาลัยแม่โจ้ จึงเห็นสมควรที่จะจัดตั้งสำนักงานบริหารโครงการ (Project Management Office-PMO) เพื่อเป็นหน่วยงานสนับสนุน ส่งเสริม และเชื่อมการทำงานในระดับปฏิบัติการและระดับการตัดสินใจเชิงยุทธศาสตร์ ในการแก้ไขปัญหาในการทำงาน ปรับปรุงกฎ ระเบียบ ให้เอื้อต่อการทำงาน พัฒนาตัวชี้วัด พัฒนาระบบการติดตาม เก็บข้อมูล ระยะต้น ระยะกลาง และผลลัพธ์ของโครงการ ฯลฯ เพื่อผลักดันให้การดำเนินงานโครงการบูรณาการเชิงยุทธศาสตร์บรรลุตามเป้าหมายอย่างมีประสิทธิภาพ และส่งผลให้ได้รับสนับสนุนงบบูรณาการอย่างต่อเนื่องทุกปี